「きんぎょ注意」クイズ
電源を入れて、著作権表示が消えてからタイトル画面になるまでのあいだに、上、右、下、左、上、X、Bの順に入力する。このあと、予習モードで1年の国語を選ぶと、マンガ「きんぎょ注意報!」に関するクイズ大会ができる。また、同じコマンドを入力したあと、2年の体育の 「ハンドボールPK」で、投げたボールを十字ボタンで曲げることができるようになる。
新たな2つのパズル
電源を入れて、著作権表示が消えてからタイトル画面になるまでのあいだに、上、右、下、左、上、x, xの順に入力する。このあと予習モードで2年の数学を選ぶと、サイコロパズルができる。また、同じコマンドを入力したあと、LかRを押しながら予習モードで2年の数学を選ぶと、引き算パズルができる。
サウンドモード
キャラを選んだあとのゲーム選択画面で、上、下、左、右、セレクト、セレクトの順に入力する。このあと予習モードを選ぶと、サウンドモードになる。ここでは、十字ボタンで選曲してAを押すと聴くことができる。
エンディングが変わる
クリアしたあとの卒業証書画面でL、R、セレクトを押し続ける。すると、スタッフ名などの文字が表示されないエンディングになる。また、卒業証書画面で上、B、X、Yを押し続けると、Aで早送り、スタートで静止、静止中にAかXでコマ送りができる、VTRモードのエンディングになる。
ゲームが厳しくなる
電源を入れて、著作権表示が消えてからタイトル画面になるまでのあいだに、上、右、下、左、上、B、Bの順にコマンドを入力する。このあとゲームを始めると、パズルゲームのルールがデスマッチモードになり、全員のブロックが積み上がってアウトになるまでゲームが終わらなくなる。また、学芸会のルールも変わり、踊りを一度でもまちがうと失格になってしまう。
ポーズをとる
遠足、2年の社会、3年の英語か体育のうちのどれかをプレイしているときに、Lを押すとポーズをとる。
隠しグラフィック
ちとせが「ヒーロー」状態で優勝するか、不良牛が「ネクラ」状態で最下位になると、卒業証書画面で隠しグラフィックを見ることができる。
