隠し超必殺技
モスラとアンギラスの隠し超必殺技。モスラは怒号ゲージが満タンで、右向きのときに地上で、十字ボタンの下にためて左下、左の順に押したあと、右と強ボタンを同時に押す。すると、「モスラ&バトラ攻撃」という超必殺技が出せる。また、アンギラスの場合は、怒号ゲージが満タンのときにダッシュボタンを2秒以上押し続けて、ジャンプ中にダッシュボタンを放す。すると、「空中急降下体当たり」という超必殺技が出る。
ガイガンが復活
ガイガンのライフゲージが少なくなったら、ダッシュボタンを2秒以上押してダッシュボタンを放す。十字ボタンの左と組みボタンを同時に押すと、コマンド入力後にガイガンが約2秒間硬直する。このとき相手の攻撃を受けると、ライフゲージが残っているのに、負けたときと同じようにガックリと倒れてしまう。しかし、そのあとすぐに起き上がって戦える。なお、コマンドはキャラが右向きのときのもの。
キャラ操作が変わる
VSゲームでキャラを選択するときに、セレクトを押しながらAを押して決定する。すると、キャラの操作がコンピュータになる。1P、2Pどうしがこの操作をすると、コンピュータどうしの対戦を観戦できる。
メガロの隠し技
メガロを使って相手と組んだ状態で、下、右下、右、左、左下、下の順にすばやく押してから、上とxを同時に押すと「スーパードロップキック」という技が出る。なお、コマンドはキャラが右向きのときのもの。
謎の宇宙船
どのモードでもいいので、ゴジラを使ってモスラと対戦する。タイムがちょうど30カウントのときモスラを倒すと、謎の宇宙船が出現する。
